Akademi Analis Kesehatan Manggala Yogyakarta yang selanjutnya disingkat AAK Manggala didirikan pada tanggal 29 Januari 1998 oleh Yayasan Manggala, yang merupakan kepanjangan dari “ Manunggaling Anggota Nedya Gotongroyong Nggayuh Amrih Luhuring Atmaja”.

AAK Manggala adalah bentuk realisasi gagasan Yayasan Manggala dalam keikutsertaannya mengantisipasi laju perkembangan pendidikan kesehatan, khususnya pendidikan Analis Kesehatan. Akademi Analis Kesehatan Manggala Yogyakarta berdiri dengan SK Menkes RI No. HK.00.06.1.3.3361 dan pada tahun 2006 terjadi alih bina ke Mendiknas SK Mendiknas No. 240/D/O/2006.

Mengingat persaingan dalam dunia kerja dan kualifikasi yang semakin tinggi, maka mutlak di tuntut untuk mencetak tenaga yang profesional di bidangnya, Tenaga Ahli Teknologi Laboratorium Medis diharapkan dapat menjebatani pelayanan kesehatan di bidang laboratorium kesehatan. Suatu program pelayanan kesehatan yang juga didambakan oleh masyarakat umum, dimana didalamnya terkait erat pelayanan medis.